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Die genaue Identifizierung von Bakterien ist entscheidend für die Diagnose und Behandlung von Infektionskrankheiten und auch für die Rückverfolgung von Krankheitsausbrüchen. Biologische Methoden wie phänotypische und biochemische Eigenschaften von Bakterien werden zur Bakterienidentifizierung verwendet. Einige Stämme sind jedoch gegen einige dieser Methoden resistent und können durch biochemische Tests identifiziert werden. Zur Bestimmung des Bakterientyps wird eine Gram-Färbung oder eine DNA-Sequenz empfohlen.
Die PCR-ESI/MS-Technik ist nützlich bei der Identifizierung von Bakterien. Es hat einen zusätzlichen Vorteil, insbesondere in epidemiologischen Studien. Die MS-Technologie verwendet eine mikrobielle Datenbank, die Sequenzen verschiedener Arten und Stämme innerhalb jeder Art enthält. Darüber hinaus ermöglicht der PCR-Schritt eine partielle Mismatch-Amplifikation von Regionen, die der Primer-Bindungssequenz ähnlich sind. Dies ermöglicht genaue und zuverlässige mikrobielle ID-Ergebnisse und minimiert die Notwendigkeit einer Kultivierung. Darüber hinaus ermöglicht das Verfahren die Analyse biologischer Materialien direkt von der Quelle.
PCR-basierte Methoden zur Identifizierung von Bakterien sind sehr genau und zuverlässig. Mit dieser Methode kann ein klinisches Labor Infektionserreger identifizieren, ohne sich um die Komplexität eines Labors kümmern zu müssen. Molekulare Techniken haben die Durchlaufzeiten verbessert, aber eine begrenzte Anzahl kommerziell erhältlicher Assays macht universelle Bakterienidentifizierungsschemata zu einer Herausforderung. Hier bietet sich ein neues Bakterien-Isolierungsverfahren an. Es gibt zwei verschiedene Arten von PCR-MS, mit denen eine Vielzahl von Bakterienarten identifiziert werden können.
PCR-TOF-MS ist eine Alternative zu biochemischen und antigenen Bakterienidentifizierungsmethoden. Diese Tests erfordern keine speziellen Primer und können für eine Vielzahl von Mikroorganismen verwendet werden. Im Vergleich zu anderen Methoden ist die MALDI-TOF-MS breit auf alle Mikroorganismen anwendbar und erfordert weniger Spezialwissen. Es gibt zwei Hauptplattformen für MALDI-TOF-MS, Bruker MALDI Biotyper und Shimadzu AXIMA Microorganism Identification System. Beide haben eine ähnliche Instrumentierung.
Viele Mikroorganismen haben verschiedene Namen. Einige sind weit verbreitet, andere eher undurchsichtig. Es ist wichtig, Bakterien anhand ihrer Farbe zu unterscheiden, um eine rechtzeitige Diagnose und Behandlung sicherzustellen. Ein Farbleitsystem ist hilfreich, um die verschiedenen Bakterienarten zu vergleichen. Ein Bakteriologe kann eine Vielzahl von Methoden anwenden, um einen bestimmten Typ zu identifizieren. Es gibt viele andere Tests auf dem Markt, die bei der Identifizierung eines bestimmten Bakteriums helfen können.
Während viele Bakterien pathogen sind, verbleiben viele im menschlichen Körper. Die meisten sind Bakterien der normalen Flora, die der menschlichen Gesundheit zuträglich sind. Nur etwa 10 % der Bakterien sind pathogen. Um diese Unbekannten in einem klinischen Labor zu identifizieren, werden Proben von Haut, Urin und Kot des Patienten verwendet. Diese Proben werden auf das Vorhandensein spezifischer Mikroorganismenstämme getestet. Diese Tests werden oft von einem medizinischen Labor durchgeführt, können aber auch bei einigen Arten von Infektionen ungenau sein.
Die häufigsten Bakterienarten sind der Burkholderia cepacia-Komplex, Bifidobacterium und Capnocytophaga. Die häufigsten Arten dieser Organismen kommen häufig im menschlichen Körper vor und werden allgemein als "pathogen" angesehen. Diese Organismen verursachen eine Vielzahl von Krankheiten. Durch diese Organismen verursachte Infektionen sollten sofort behandelt werden. Darüber hinaus gibt es zahlreiche weitere Faktoren, die zur Entstehung neuer Krankheitserreger führen können.
Die wichtigsten Determinanten für die Bakterienidentifizierung sind die Fettsäuren, die essentielle Bestandteile der bakteriellen Zellmembranen sind. Verschiedene Fettsäuren werden von verschiedenen Bakterienarten produziert. Diese Fettsäuren können verwendet werden, um unbekannte Bakterienarten zu identifizieren. Neben Fettsäuren können andere Metaboliten helfen, zwischen zwei Arten von Bakterien zu unterscheiden. Zum Beispiel ist ein Pigment ein Antioxidans, die Pigmente eines Bakteriums sind giftig.
Zur Identifizierung von Bakterien stehen mehrere Methoden zur Verfügung. Anilinblau- und Calcofluorweiß-Färbung sind die beiden häufigsten Optionen. Neben den Fettsäuren lassen sich die Bakterien anhand ihrer sekundären Stoffwechselprodukte identifizieren. Beispielsweise haben bestimmte Bakterienarten Antioxidantien oder Pigmente in ihren Zellen. Andere Metaboliten umfassen Aminosäuren, Fettsäuren und Peptide. Sie werden auch verwendet, um Pilze zu identifizieren.
Die Genauigkeit der Bakterienidentifizierung hängt von der Qualität der Probe ab. Eine Bakterienprobe muss genau analysiert werden, um die Art zu bestimmen. Handelt es sich um einen Pilz, soll das Verfahren in der Lage sein, zwischen zwei Bakterienarten zu unterscheiden. Wenn der Pilz ein Bakterium ist, dann ist der Organismus anaerob. Wenn es eine Säure produziert, wird es Zucker fermentieren, der die primäre Kohlenstoffquelle im menschlichen Körper ist.
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